在乙肝抗病毒治疗过程中，如果乙肝病毒的结构发生改变，导致变异，就可能出现耐药情况。 乙肝病毒耐药最显著的危害表现为一系列症状：乙肝病毒DNA水平原本下降的情况现在再次上升，肝功能转氨酶水平增高，患者出现各种临床乙肝症状，如乏力、恶心、呕吐、厌油、肝区疼痛等。 乙肝病毒耐药还可能增加肝硬化和肝癌的发病率，削弱患者机体的免疫力，提高病情复发的风险，进而增加了治疗的挑战。
耐药发生后的药物更换、加药以及交叉耐药现象，都会显著增加治疗成本，带来更沉重的经济负担和生活压力。 乙肝病毒发生变异耐药后，可能引发病毒学反弹、生化学反弹，导致血清学复发；肝病的进展，如可能发生肝病急性恶化和肝衰竭，进而需要进行肝移植或可能导致患者死亡。 由于耐药导致的病毒反弹、疾病进展和病情恶化，还可能导致患者无法正常工作、学习以及影响婚姻和生育，进一步增加患者及其家人的心理和生活压力。
在确定治疗方案时，特别是选择抗病毒药物时，需要考虑耐药性。 除了考虑患者的病情和经济状况外，还应选择强效低耐药性的药物。不同药物的耐药性发生概率不同，可降低耐药性风险。 有些患者会受到他人用药经验的影响，擅自更换或停止药物，这会增加耐药性。 如果体内的病毒量持续稳定或突然增加，可能出现耐药性。 定期到医院检查能及早发现耐药性，采取及时解决措施。 保持健康的生活习惯虽然与耐药性表现看似无关，但随着乙肝病情加重，治疗效果会变差，病毒量增加，类似于耐药性的表现。
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